GermanWikipedia - /page/entry.mu

Micron Document

<!DOCTYPE html>

<title>6-FAM-phosphoramidit</title>

</head>

<h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading"><span class="mw-page-title-main">6-FAM-phosphoramidit</span></h1>

</header>

</div>

<th colspan="2" style="background:#FFDEAD; color:#202122;">Strukturformel

</th></tr>

<tr>

</td></tr>

<tr>

<th colspan="2" style="background:#FFDEAD; color:#202122;">Allgemeines

</th></tr>

<tr>

<td style="width:33%;">Name

</td>

<td>6-FAM-phosphoramidit

</td></tr>

<tr>

<td>Andere Namen

</td>

<td>

<ul><li>6-FAM-amidit</li>

<li>[(3',6'-Dipivaloylfluoresceinyl)-6-carboxamidohexyl]-1-<i>O</i>-(2-cyanoethyl)-(<i>N</i>,<i>N</i>-diisopropyl)-phosphoramidit</li>

<li>2,2-Dimethylpropansäure-1,1′-(6-{10-[bis(1-methylethyl)amino]-13-cyano-1-oxo-9,11-dioxa-2-aza-10-phosphatridec-1-yl}-3-oxospiro[isobenzofuran-1(3<i>H</i>),9′-(9<i>H</i>)xanthen]-3′,6′-diyl)ester (<a href="IUPAC-Nomenklatur" class="mw-redirect" title="IUPAC-Nomenklatur">IUPAC</a>)</li></ul>

</td></tr>

<tr>

<td><a href="Summenformel" title="Summenformel">Summenformel</a>

</td>

<td>C<sub>46</sub>H<sub>58</sub>N<sub>3</sub>O<sub>10</sub>P

</td></tr>

<tr>

<td>Kurzbeschreibung

</td>

<td>

<p>schwach gelbes Pulver<sup id="cite_ref-sigma_1-0" class="reference"><a href="#cite_note-sigma-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

</p>

</td></tr>

<tr>

<th colspan="2" style="background:#FFDEAD; color:#202122;">Externe Identifikatoren/Datenbanken

</th></tr>

<tr>

<td style="width:33%;"><a href="CAS-Nummer" title="CAS-Nummer">CAS-Nummer</a>

</td>

</td>

</td></tr>

<tr>

<td><a href="PubChem" title="PubChem">PubChem</a>

</td>

</td></tr>

<tr>

<td><a href="ChemSpider" title="ChemSpider">ChemSpider</a>

</td>

</td></tr>

<tr>

<td style="border-right:1px solid #a2a9b1;"><a href="Wikidata" title="Wikidata">Wikidata</a>

</td>

</td></tr></tbody></table>

</td></tr>

<tr>

<th colspan="2" style="background:#FFDEAD; color:#202122;">Eigenschaften

</th></tr>

<tr>

<td><a href="Molare_Masse" title="Molare Masse">Molare Masse</a>

</td>

</td></tr>

<tr>

<td><a href="Aggregatzustand" title="Aggregatzustand">Aggregatzustand</a>

</td>

<td>

</p>

</td></tr>

<tr>

<th colspan="2" style="background:#FFDEAD; color:#202122;">Sicherheitshinweise

</th></tr>

<tr>

<td colspan="2" style="text-align:center"><b><a href="Global_harmonisiertes_System_zur_Einstufung_und_Kennzeichnung_von_Chemikalien" title="Global harmonisiertes System zur Einstufung und Kennzeichnung von Chemikalien">GHS-Gefahrstoffkennzeichnung</a></b><sup id="cite_ref-sigma_1-2" class="reference"><a href="#cite_note-sigma-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

<td><i>keine GHS-Piktogramme</i>

</td></tr></tbody></table>

<p>

</p>

</td></tr>

<tr>

<td rowspan="2" width="33%" style="border-top:1px #A7A7A7 dashed; border-right:1px #A7A7A7 dashed;"><a href="H-_und_P-S%C3%A4tze" title="H- und P-Sätze">H- und P-Sätze</a>

</td>

<td style="border-top:1px #A7A7A7 dashed;">H: <span title="Untervorlage eingebunden: H-Sätze"></span><i>keine H-Sätze</i>

</td></tr>

<tr>

<td style="border-top:1px #A7A7A7 dashed;">P: <span title="Untervorlage eingebunden: P-Sätze"></span><i>keine P-Sätze</i><sup id="cite_ref-sigma_1-3" class="reference"><a href="#cite_note-sigma-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

</td></tr>

</tbody></table>

</td></tr>

<tr>

<td colspan="2" style="background:#FFDEAD; color:#202122; font-size:80%; text-align:center; line-height:150%; padding:.25em;">Wenn nicht anders vermerkt, gelten die angegebenen Daten bei <a href="Standardbedingungen" title="Standardbedingungen">Standardbedingungen</a> (0 °C, 1000 hPa).

</td></tr></tbody></table><p><span class="editoronly" style="display:none;"></span>

</p><p><b>6-FAM-phosphoramidit</b>, auch <b>6-FAM-amidit</b>, ist das <a href="Phosphoramidit-Synthese" title="Phosphoramidit-Synthese">Phosphoramidit</a>-Derivat des <a href="6-Carboxyfluorescein" title="6-Carboxyfluorescein">6-Carboxyfluorescein</a> (FAM), ein <a href="Fluoreszenzfarbstoff" class="mw-redirect" title="Fluoreszenzfarbstoff">Fluoreszenzfarbstoff</a>, der bei in der Synthese von <a href="Oligonukleotid" class="mw-redirect" title="Oligonukleotid">Oligonukleotiden</a> zur Erzeugung von <a href="Real_Time_Quantitative_PCR" title="Real Time Quantitative PCR">Hydrolisierungssonden</a> für <a href="Real_time_quantitative_PCR" class="mw-redirect" title="Real time quantitative PCR">Real-Time-PCR</a>-Assays und somit zum quantitativen Nachweis von <a href="Nukleins%C3%A4uresequenz" class="mw-redirect" title="Nukleinsäuresequenz">Nukleinsäuresequenzen</a> verwendet wird.

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Herstellung">Herstellung</h2></div>

<p>Zunächst wird der Vorläufer für die <a href="Phosphoramidit-Synthese" title="Phosphoramidit-Synthese">Phosphoramidit</a>-Einheit synthetisiert. Dazu wird <a href="Phosphortrichlorid" title="Phosphortrichlorid">Phosphortrichlorid</a> erst mit <a href="Ethylencyanhydrin" title="Ethylencyanhydrin">3-Hydroxypropionitril</a> und dann mit <a href="Diisopropylamin" title="Diisopropylamin">Diisopropylamin</a> umgesetzt. Die Fluorescein-Einheit wird ausgehend von <a href="Resorcin" title="Resorcin">Resorcin</a> und <a href="Trimellits%C3%A4ureanhydrid" title="Trimellitsäureanhydrid">Trimellitsäureanhydrid</a> hergestellt. Die Estergruppen werden mittels <a href="Pivaloylchlorid" title="Pivaloylchlorid">Pivaloylchlorid</a> eingeführt. Die Verbindung wird zunächst <i>in situ</i> mittels <a href="Nitrophenole" title="Nitrophenole">4-Nitrophenol</a> und <a href="Dicyclohexylcarbodiimid" title="Dicyclohexylcarbodiimid">Dicyclohexylcarbodiimid</a> in einen Nitrophenylether überführt. Dieser reagiert mit 6-Aminohexanol, wodurch die C<sub>6</sub>-Kette als Brücke eingeführt wird. Reaktion mit dem separat synthetisierten Phosphorreagenz ergibt das 6-FAM-Phosphoramidit.<sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Verwendung">Verwendung</h2></div>

<p>6-FAM-phosphoramidit ist ein Reporter-Farbstoff, der kovalent an das 5’-Ende der Sonde gebunden ist, die für das Farbsignal der Reaktion verantwortlich ist. Die Anregungs<a href="Wellenl%C3%A4nge" title="Wellenlänge">wellenlänge</a> von 6-FAM-phosphoramidit liegt bei 496 nm, die Emissionswellenlänge bei 520 nm. Am 3’-Ende der Sonde ist ein <a href="Quenching-Effekt" class="mw-redirect" title="Quenching-Effekt">Quencher</a>-Farbstoff gebunden (z. B. TAMRA). Die mit einer 5’-<a href="Exonuklease" title="Exonuklease">Exonukleaseaktivität</a> ausgestattete <a href="Taq-Polymerase" title="Taq-Polymerase">Taq-Polymerase</a> löst den Reporterfarbstoff von der <a href="DNA" class="mw-redirect" title="DNA">DNA</a> ab. Nach der vollständigen Synthese des PCR-Produkts wird auch der Quencherfarbstoff frei. Durch die räumliche Trennung gibt der Reporterfarbstoff nach Anregung ein Fluoreszenzsignal. Wird hingegen die intakte Sonde angeregt, so unterdrückt der Quencherfarbstoff aufgrund der räumlichen Nähe zum Reporterfarbstoff dessen <a href="Fluoreszenz" title="Fluoreszenz">Fluoreszenz</a>.<sup id="cite_ref-3" class="reference"><a href="#cite_note-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-sigma2_4-0" class="reference"><a href="#cite_note-sigma2-4"><span class="cite-bracket">[</span>4<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Einzelnachweise">Einzelnachweise</h2></div>

<li id="cite_note-sigma-1"><span class="mw-cite-backlink">↑ <sup><a href="#cite_ref-sigma_1-0">a</a></sup> <sup><a href="#cite_ref-sigma_1-1">b</a></sup> <sup><a href="#cite_ref-sigma_1-2">c</a></sup> <sup><a href="#cite_ref-sigma_1-3">d</a></sup></span> <span class="reference-text">Datenblatt <span style="font-style:italic;"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/SIAL/30372">6-FAM-phosphoramidit</a></span> bei <a href="Sigma-Aldrich" title="Sigma-Aldrich">Sigma-Aldrich</a>, abgerufen am 22. Mai 2017 (<a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.sigmaaldrich.com/DE/de/sds/SIAL/30372?userType=anonymous">PDF</a>).<span class="editoronly" style="display:none;"></span><span style="display:none;">Vorlage:Sigma-Aldrich/Name nicht angegeben</span></span>

</li>

<li id="cite_note-2"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-2">↑</a></span> <span class="reference-text">Alexander Stepakov, Svetlana Galkina, Denis Bogomaz, Elena Gaginskaya, Alsu Saifitdinova: <cite style="font-style:italic">Modified Synthesis of 6-carboxyfluorescein (6-FAM): Application to Probe Labeling for Conventional Cytogenetics</cite>. In: <cite style="font-style:italic">British Journal of Applied Science & Technology</cite>. <span style="white-space:nowrap">Band<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>7</span>, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>4</span>, 10. Januar 2015, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>423–428</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.9734/bjast%2F2015%2F15991">10.9734/bjast/2015/15991</a></span>.<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:6-FAM-phosphoramidit&rft.atitle=Modified+Synthesis+of+6-carboxyfluorescein+%286-FAM%29%3A+Application+to+Probe+Labeling+for+Conventional+Cytogenetics&rft.au=Alexander+Stepakov%2C+Svetlana+Galkina%2C+Denis+Bogomaz%2C+...&rft.date=2015-01-10&rft.doi=10.9734%2Fbjast%2F2015%2F15991&rft.genre=journal&rft.issue=4&rft.jtitle=British+Journal+of+Applied+Science+%26amp%3B+Technology&rft.pages=423-428&rft.volume=7" style="display:none"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-3"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-3">↑</a></span> <span class="reference-text">Thomas A. Schild, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.uniklinik-freiburg.de/fileadmin/mediapool/07_kliniken/med_innere1/downloads/core_facility">Einführung in die Real-Time TaqMan™ PCR-Technologie</a>, 28. Mai 1998, abgerufen am 1. Oktober 2024</span>

</li>

<li id="cite_note-sigma2-4"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-sigma2_4-0">↑</a></span> <span class="reference-text">Datenblatt <span style="font-style:italic;"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/SIGMA/m041130">6-FAM-phosphoramidit</a></span> bei <a href="Sigma-Aldrich" title="Sigma-Aldrich">Sigma-Aldrich</a>, abgerufen am 1. Oktober 2024 (<a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.sigmaaldrich.com/DE/de/sds/SIGMA/m041130?userType=anonymous">PDF</a>).<span class="editoronly" style="display:none;"></span><span style="display:none;">Vorlage:Sigma-Aldrich/Name nicht angegeben</span></span>

</li>

</ol>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Weblinks">Weblinks</h2></div>

<ul><li>Thomas A. Schild: <i><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.core-facility.uni-freiburg.de/lc480/lc480obj/sdsman">Einführung in die Real-Time Taqman PCR-Technologie</a></i>. 7700 SDS Workshop</li></ul></div><div><div class="zim-footer">

Dieser Artikel wurde von <a class="external text" title="Zuletzt bearbeitet am 2024-10-01" href="https://de.wikipedia.org/wiki/?title=6-FAM-phosphoramidit&oldid=249037992">Wikipedia</a> herausgegeben. Der Text ist unter <a class="external text" href="https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/deed.de">Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0</a> verfügbar, sofern nicht anders angegeben. Für die Mediendateien können zusätzliche Bedingungen gelten.

</div>

</div></div>

</div>

</main>

</div>

</body></html>